В центре сюжета аниме "Обитель ангелов" находится старшеклассник Сэцуна Мудо, который совсем не вписывается в привычные представления о добром и порядочном подростке. Жизнь Сэцуны полна агрессии и бунтарства: он регулярно ввязывается в драки, пренебрегает учебой и часто совершает поступки, которые окружающие считают отвратительными. Однако за этой грубой внешностью скрывается большая тайна — Сэцуна тайно влюблён в свою младшую сестру Сару. Эта запретная любовь терзает его душу, ведь он понимает, что такие чувства идут вразрез с нормами общества и кажутся противоестественными. Однажды жизнь Сэцуны переворачивается с ног на голову, когда он узнаёт, что является реинкарнацией ангела Алексиэль — могущественного существа органического происхождения, которое когда-то возглавило восстание против небесных собратьев. В прошлом, Алексиэль стала свидетельницей жестокого убийства группы демонов ангелами и решилась на бунт. Восстание закончилось поражением, и за это Алексиэль была сурово наказана: её тело заморозили, а душу обрекли на вечное перерождение в человеческом мире.
Каждое новое воплощение приносило с собой страдания и испытания, превращая её жизнь в нескончаемую цепь мучений. В новой жизни Алексиэль оказалась заперта в теле Сэцуны. Её верный слуга Катана, решив помочь своей госпоже обрести свободу, пробуждает её силы в теле дерзкого подростка. Однако для полного освобождения ему предстоит совершить немыслимое — убить Сару. Узнав об этом, Сэцуна решает действовать иным способом. Вместо того чтобы позволить своей сестре умереть, он принимает решение бежать вместе с ней, скрывшись в тайном месте, где они смогут избежать преследования. "Обитель ангелов" — это захватывающая история о внутренней борьбе, запретной любви и поиске истины. Она сочетает в себе элементы мистики и драмы, поднимая глубокие вопросы о природе человеческих чувств и границах моральных норм. Сэцуна, стремясь защитить свою сестру и найти своё место в мире, оказывается перед лицом не только внешних врагов, но и внутренних демонов, заставляя зрителя задуматься о сложностях человеческой души и значении истинной свободы.