Группа старшеклассников-шпионов продолжает вести свою захватывающую борьбу за безопасность Японии во втором сезоне истории. Их путь переплетается с новыми опасностями, включая террористические организации и враждебных шпионов, которые угрожают мирной жизни обычных граждан. Нагиса Шиота, основной герой, продолжает возглавлять команду старшеклассников-шпионов, опираясь на свои умения и интеллект, чтобы идентифицировать источник угрозы и противостоять ей. В этом сезоне герои также сталкиваются с открытием новых секретов из прошлого персонажей, раскрывая их глубокие связи и отношения друг с другом. Особое внимание уделяется отношениям Нагисы с его бывшей учительницей Коросенсеи, которые развиваются в неожиданных направлениях, ставя их перед новыми вызовами. После возвращения в школу и восстановления обычной жизни, главным героям предстоит столкнуться с новой угрозой, которая ставит под угрозу японское правительство и множество городов. Они узнают о существовании опасной организации, которая планирует теракт масштабных размеров. Вступив в союз с другими агентами, наши герои берут на себя миссию остановить террористов и предотвратить неминуемую катастрофу.
В ходе своих приключений, старшеклассники-шпионы не только развивают свои навыки и сталкиваются с новыми вызовами, но и раскрывают больше тайн о прошлом главного героя, Куро Сэнсэя. Его связь с противоборствующей организацией начинает разгадываться, открывая новые грани его личности и сложные связи, в которые он втянут. Вдобавок к этому, во втором сезоне появляются новые персонажи, чье появление существенно влияет на ход сюжета и развитие уже знакомых персонажей, создавая новые драматические повороты и возможности для роста. В этом захватывающем продолжении истории старшеклассники-шпионы не только борются с угрозами, но и познают себя, находят свое место в сложном мире шпионажа и стремятся к защите мира и справедливости. Воплощая самые высокие идеалы храбрости, преданности и солидарности, они показывают, что даже в лице новых преград и рисков можно найти силу и смелость, чтобы справиться с любыми вызовами, встающими на их пути.