Аниме «Сумеречный разум 2041» — это история о трех братьях, которые обладают уникальными способностями. Наоя, старший брат с телекинезом, младший брат, который может читать мысли, и средний брат, который обладает даром целительства. Их родители, не зная, как управляться с такими необычными детьми, решают отдать их в лабораторию для проведения научных исследований. Там дети становятся объектом опытов правительственных ученых и подвергаются жестокому обращению.
Однако братья не сдаются и бегут из лаборатории, преследуемые охранными службами и учеными. Они объединяются с другими людьми, которые также обладают необычными способностями, и начинают борьбу за свою свободу. В этом мире, где люди со способностями преследуются и используются в качестве оружия, братья должны проявить все свои навыки и способности, чтобы выжить и защитить свою свободу. Они ищут путь к справедливости и пытаются найти ответы на вопросы, связанные с тем, кто они такие, и зачем им были даны эти способности.