Людей обычно смущает то, что ждет их в будущем. Вполне вероятно, что вскоре нас ждет всплеск активности в самых разных областях. Однако иногда разрушительный исход неизбежен. Сразу после окончания Скайфолла произошло катастрофическое событие. В атмосфере начал формироваться орбитальный столб, но просуществовал он недолго. Вскоре она соединилась с одной конкретной планетой, и большой кратер, образовавшийся в результате катастрофы, был быстро заселен уникальными существами. Было установлено, что эти существа известны как кайдзю, а их существование обусловлено генными мутациями.
Для всех было загадкой, как это произошло. Люди постоянно подвергались опасности после появления таких мутантов. Рэю, главному герою, пришлось отправиться на место, где случилось несчастье. Он должен был собрать семена, которые были заброшены. Он совершенно не замечал, что недавно произошло нечто катастрофическое. Жизнь героя была поставлена на карту. По прошествии некоторого времени главный герой заметил, что внутри огромного отстойника находится девушка, которую зовут Мил. Он понятия не имел, кто она. Возможно, она была обычным человеком. Незнакомая личность была окутана тайнами. Рэй пожелал помочь ей.