Кобато, юный человек, переживший горький опыт, решает кардинально изменить свою жизнь. После того как его выдающиеся способности в дедукции принесли ему лишь проблемы, он решает отказаться от прежних привычек и начать всё с нуля. Кобато стремится стать скромным и честным гражданином, избегая приключений и трудностей. В этом ему помогает его одноклассница Осанай, которая, как и он, мечтает о спокойной школьной жизни. Они заключают тайное соглашение о том, чтобы стать обычными учениками, наслаждаться учебой и избегать сложных ситуаций.
Но их планы оказались слишком простыми. Каждое новое утро приносит с собой загадочные происшествия, которые, казалось бы, следуют за ними повсюду. Несмотря на все их усилия сохранить мир и тишину, непредсказуемые события и странные ситуации вмешиваются в их жизнь, заставляя снова и снова использовать свои уникальные способности. Вскоре Кобато и Осанай понимают, что спокойно жить не получится, и им вновь приходится погружаться в мир тайн и загадок. С каждым новым днем они сталкиваются с необычными и порой опасными ситуациями, которые ставят под сомнение их стремление к простому существованию.