Недавние события изменили жизнь шестиклассника Кудо Тайки. Возвращение в цифровое измерение стало неизбежным, когда на мир обрушился новый кризис. В прошлый раз ему и его друзьям удалось победить Тактимона, предотвратив катастрофу. Однако тишина оказалась лишь временной передышкой. В цифровом мире теперь царит хаос, вызванный безжалостным Багурамоном, который воспользовался Кодовой Короной для того, чтобы разрушить вселенную на фрагменты. Теперь в каждой из частей правят могущественные и безжалостные создания, подчиняющиеся Багурамону.
Кудо, сжав зубы, вновь объединяет силы с верным Сетмоном, чтобы бросить вызов захватчикам. Ему также помогают молчаливая и загадочная Нэнэ и решительный Кириха, готовый к бою. Впереди их ждут сражения с новыми врагами, каждый из которых сильнее и опаснее предыдущего. Но Кудо верит, что даже перед лицом таких трудностей их сила дружбы и решимость смогут преодолеть любые преграды.