На протяжении последних двенадцати лет, в азиатской стране под названием Газс-Соника, бушует беспощадная гражданская война. Причины её возникновения остаются окутанными тайной, а надежды на мир кажутся призрачными. Среди хаоса и разрухи, что стали повседневной реальностью, живёт молодая девушка по имени Мадлакс. Она, словно тень, бесшумно скользит через этот кровавый конфликт, зарабатывая на жизнь как наёмный убийца. Её жизнь — это череда жестоких миссий, выполняемых с холодной точностью и без малейших угрызений совести. Мадлакс работает на обе стороны конфликта, руководствуясь лишь одним принципом — получение вознаграждения за выполненную работу. Безразличная к моральным устоям и принципам, Мадлакс живёт сегодняшним днём, не задумываясь о том, кого ей приходится устранять по приказу очередного заказчика. Её имя стало легендой в тёмных коридорах войны, а её бесстрашие и эффективность вызывают страх и уважение. Но один день меняет всё в её, казалось бы, предсказуемой и прагматичной жизни. Мадлакс узнаёт о существовании девушки, находящейся на другом конце планеты, с которой её связывает двенадцатилетнее прошлое, о котором она даже не подозревала.
Это открытие становится переломным моментом для Мадлакс. Связь с другим человеком, с которым её объединяет общая история, заставляет героиню пересмотреть свои жизненные принципы и методы. Впервые перед ней встают вопросы, касающиеся её собственной идентичности и морали. Внезапное осознание родства с другой душой приносит в её жизнь эмоциональные и нравственные потрясения, о которых она ранее не имела ни малейшего представления. По мере того как она углубляется в своё прошлое и пытается понять, кем она была и кем она стала, Мадлакс сталкивается с новыми испытаниями и дилеммами. Её работа, её безразличие к жизни других людей, её холодный профессионализм — всё это ставится под сомнение. События разворачиваются с такой скоростью, что героине приходится искать новые смыслы и цели в жизни. Теперь перед ней стоит задача не просто выживать в мире хаоса, но и найти ответы на вопросы, которые не давали ей покоя. В этом поиске она откроет для себя новые грани собственного "я" и поймёт, что быть человеком — значит не только принимать, но и изменять реальность вокруг себя.