В аниме "Записная книжка Бога" зрителей ожидает захватывающая детективная история, где на первый план выходят два необычных персонажа: девушка-гений Алиса и нелюдимый старшеклассник Наруми Фудзисима. Алиса - умелый детектив, но ее методы расследования выходят за рамки традиционных. Вместо того чтобы бегать по улицам, она предпочитает проводить свое время в постели, окруженная мониторами и высокотехнологичным оборудованием. Ее комната превращается в центр операций, где она распутывает самые запутанные дела благодаря нестандартному мышлению и аналитическим способностям. Однако, даже такому гению как Алисе, иногда не хватает внешней помощи. Именно в это время на сцену выходит Наруми. Парень, только что перешедший в новую школу, неловко общается с окружающими, что делает его изолированным. Но судьба сводит его с Алисой и начинается новая и увлекательная глава в их жизни. После знакомства с бойкой одноклассницей Аякой, Наруми оказывается в местном кафе, где и происходит их первая встреча с Алисой. Для Наруми это открывает совершенно новый мир - мир интриг и загадок, который скрывается за стенами обычной квартиры.
На первый взгляд, жилище Алисы кажется обычной, но Наруми быстро понимает, что это не так. Там, в окружении мониторов и технических устройств, происходят удивительные вещи. С этого момента начинается их совместное расследование дел, и Наруми с удовольствием принимает вызов. Он обнаруживает, что у него есть скрытый талант для разгадывания загадок, а совместная работа с Алисой приносит удовольствие и новый смысл его школьной жизни. Таким образом, начинается захватывающее сотрудничество между двумя совершенно разными по характеру и методам работы героями. Вместе они преодолевают препятствия, разгадывают сложные головоломки и раскрывают самые запутанные преступления. Но помимо работы, они также учатся друг у друга чему-то новому - Алиса учит Наруми аналитическому мышлению, а Наруми помогает ей находить баланс между работой и общением с окружающими. Это история о дружбе, самопознании и поиске истины в мире, где каждая загадка - это шаг к раскрытию себя и окружающего мира.