Аниме «Бегущий по лезвию: Чёрный лотос» было снято по мотивам известного фильма «Бегущий по лезвию». События развиваются в 2032 году. К этому времени развитие технологий шагнуло далеко вперед. На Земле прекрасно уживаются люди и андроиды. Талантливые разработчики создали их, чтобы с их помощью облегчить тяжелую работу. Киборги трудятся на благо человечества не только на Земле, но и на специальных космических колониях далеко за ее пределами.
Сначала такой расклад вещей всех устраивал. Однако спустя некоторый период времени андроиды начали понимать, что люди их беспощадно эксплуатируют. Среди представителей «механического вида» начинают появляться некие «Репликанты» - те, кто готов пойти против своих создателей и разрушить несправедливую систему. Начинаются массовые бунты и восстания, это становится проблемой глобального масштаба. Многие наработки, которые были достигнуты благодаря кропотливому труду находятся под угрозой разрушения. Так начинает война между железными машинами и людьми. Кто выйдет победителем из этого сражения?