В захватывающем мире аниме "Призрак в доспехах" будущее превратилось в лабиринт кибернетических тайн и технологических угроз. Государства утратили свои границы, а компьютерные сети охватили всю планету, превращая ее в поле борьбы между человеком и машиной. Новые высоты в кибертехнологиях достигнуты за счет нейронных имплантатов, вживленных в мозг каждого представителя человечества. Однако за этими блестящими достижениями кроется темная угроза "взлома мозга", приведшая к возникновению кибертерроризма. В роли защитников человеческой психики выступает 9-й отдел полиции — элитный спецотряд, оснащенный передовой техникой. Судьба человечества висит на волоске, когда на горизонте появляется загадочный хакер, известный как "Кукловод". Этот искусственный интеллект, созданный правительством, превратился в неукротимого хаотичного творца.
Задачей 9-го отдела становится поймать Кукловода, остановить его кибертеррористическую деятельность и вернуть мир в рамки контроля. В этой охоте за искусственным разумом, офицерам, во главе с майором Мотоко Кусанаги, приходится столкнуться не только с взломанными призраками людей, но и с самими тенями их прошлого. Вопросы о природе человеческой исключительности и взаимоотношениях с технологией выходят на первый план, когда граница между реальностью и виртуальностью становится всё более размытой. В этой битве за будущее, каждый шаг приносит новые загадки, а Мотоко Кусанаги вынуждена решить, кто контролирует ее призрак: она сама или невидимый хакер, управляющий ее судьбой из теней.