Действия анимационного сериала разворачиваются в мире Шиноби спустя несколько лет после событий произошедших в Наруто. Многолетняя война с призраками закончилась, теперь здесь все изменилось до неузнаваемости. Мир начал развиваться семимильными шагами в технологическом плане. Если раньше в этих местах царил хаос и средневековье, то сейчас все процветает. Стремительно развивающееся государство с передовыми технологиями, привлекает к себе внимание влиятельных людей. Несмотря на то, что прогресс был везде это не помешало местным жителям сохранить древние традиции. Сюжет этой истории знакомит зрителей не с великим воином Наруто, а с его сыном Боруто.
Как известно путь легендарного отца был трудным и тернистым. Он не хотел, чтобы сын повторил его судьбу. Поэтому делал все, чтобы Боруто рос в заботливой и любящей семье. Он давал ему все самое лучшее и воспитывал настоящего воина. Мальчишка с благодарностью и уважением относился к отцу. Боруто старался показать себя с лучшей стороны. Отец верил, что его сын может стать достойным человеком. Иногда мальчишке было трудно контролировать свой вспыльчивый характер. Из-за этого он мог частенько мог пропускать уроки и не прислушиваться к советам родни.
Тогда еще никто не знал, что благодаря именно такому характере он сможет найти верных друзей, а его жизнь будет наполнена невероятными и потрясающими приключениями. Просто в один момент герой не захотел оставаться в тени подвигов своего отца, поэтому решил действовать так как подсказывал ему внутренний голос. Как только он понял, что хочет добиться все сам, то перед ним сразу начали открываться новые возможности. Теперь Боруто ничего не боится, даже приближающихся темных времен. Он уверен в своих силах, а еще в том, что сможет защитить друзей. Герой бросает вызов всем, кто хочет пойти войной против мира и уничтожить его.