В параллельной вселенной, где современная Япония смешивается с фантастическими элементами, существует место, известное как Академия-Сити. Здесь живут и учатся множество талантливых молодых людей, известных как эсперы, обладающие необычными способностями. Среди них находится Тома Камидзё, молодой человек с уникальной особенностью. Тома обладает редким даром: его правая рука обладает способностью рассеивать магические и экстрасенсорные воздействия. Но несмотря на свой дар, он является убежденным скептиком, не верящим в существование волшебства. Для него каждое явление имеет логическое объяснение и не нуждается в мистических толкованиях. Однако, судьба намерена проверить его убеждения. Однажды Тома обнаруживает на своем балконе загадочную девушку в монашеской одежде. Индекс, как она представляется, производит на него впечатление с первого взгляда. Она не только съедает всю еду в его доме, но и раскрывает перед ним удивительную историю своей памяти. Оказывается, у Индекс есть память, содержащая более ста тысяч запрещенных магических книг. Она бежала из Туманного Альбиона, чтобы спастись от хорошо подготовленных чародеев, которые стремятся заставить ее забыть содержание этих рукописей.
Индекс просит помощи у Томы, и вместе они оказываются втянутыми в опасное приключение, где им предстоит противостоять могущественным врагам и раскрыть тайны, спрятанные в мире магии и забытых знаний. Тома, который раньше отвергал магию, вынужден пересмотреть свои убеждения и столкнуться с тем, чему не учили в школе. Вместе с Индекс он погружается в опасный и захватывающий мир магических сил, где каждый шаг может стать последним, а каждое решение имеет важные последствия. Эта история о борьбе за выживание, о дружбе и предательстве, о поиске истины и о преодолении собственных ограничений. Вместе Тома и Индекс открывают новые горизонты и расширяют свои границы, становясь сильнее и мудрее. Они понимают, что мир не так прост, как кажется на первый взгляд, и что в нем скрыты множество тайн, которые они готовы разгадать ради своей судьбы и будущего вселенной, в которой живут.